В Петербург мальчика привезли в 1871 году и сразу зачислили в Театральное училище. По окончании его, в 1881 году, Роман Борисович поступил в труппу Александринского театра и прослужил в нем до последних дней. Вся творческая жизнь актера была связана со сценой прославленного императорского театра, за исключением гастролей в Одессе, Киеве, Харькове и других городах, проходивших во время летних сезонов.

Начиная в массовке, но, обладая хорошей внешностью и прекрасной способностью двигаться на сцене, молодой актер легко овладел амплуа «героев-любовников», а позже перешел на характерные роли. Красивого, высокого, статного актера отличали благородная внешность, изысканные манеры. Он имел большой успех, исполняя роли: Чацкого («Горе от ума»), Моцарта («Моцарт и Сальери»), Валера («Тартюф»), Хлестакова («Ревизор»), Дона Жуана («Каменный гость»), князя Мышкина («Идиот»), Гамлета («Трагедия о Гамлете, принце датском»), Великатова («Таланты и поклонники») и многие другие.

«Таких данных, как у него, для амплуа молодых любовников после Мариуса Петипа я никогда ни на одной сцене не встречал», — вспоминал Ю. М. Юрьев.*

В рецензии на спектакль «Идиот» А. Р. Кугель так оценил игру артиста: «Г. Аполлонский очень тщательно загримировался и очень хорошо играл Мышкина. Внешнюю сторону аффектов и безумия г. Аполлонский, впрочем, передавал всегда выразительно. Местами артист чуточку декламировал, но, в общем, нельзя не оценить труд, положенный г. Аполлонским на роль Идиота, и достигнутые им значительные результаты»*.

Талант Романа Борисовича полностью раскрылся в зрелые годы, когда жизненные и эстетические интересы актера расширились.
«Глухой голос, однообразные отрывистые интонации. Короткий, странный жест. Лицо почти без мимики. Походка порывистая, сухая, носками внутрь. Никакого четкого рисунка в роли. Все до нельзя просто. Без особых выдумок, эффектов. Но, смотря его на спектакле, вы будете не отрываясь следить за ним, а затем, потеряв себя, станете жить его образом, захваченные целиком его внутренней игрой»*.

Актер-александринец Я. О. Малютин вспоминал исполнение роли Протасова в спектакле «Живой труп»: «Аполлонский и в этом случае увидел в образе, созданном великим писателем, причудливую человеческую индивидуальность, сплетение единственных в своем роде и неповторимых человеческих особенностей. Играл он эту роль блистательно».*

В 1918 году Аполлонский заведовал художественной частью Александринского театра, а в 1919‒1920 годах был членом директории и управляющим.

В 1920-е годы, изредка появлявшийся на сцене Аполлонский, снялся в нескольких немых фильмах: Оболенский («Нет счастья на земле», 1922), философ Платон («За власть Советов», 1923) и др.

По мнению Я. О. Малютина, Аполлонский «оставался актером органически чуждым какой бы то ни было общественной социальной проблематике. Большой мир был закрыт для него шорами аристократизма, надменного пренебрежения простыми людьми, и поэтому смысл созданных им образов всегда замыкался в крайне ограниченном кругу жизненных представлений и проблем»*.